Az igazgatási tanács felügyeli az ügynökség és az ügyvezető igazgató munkáját. Ezen belül az igazgatási tanács fogadja el az ügynökség hároméves időszakot lefedő egységes programozási dokumentumát, továbbá a költségvetési eljárás keretében fennálló hatáskörén belül elfogadja a költségvetést és a létszámtervet. Emellett az igazgatási tanács a költségvetési rendeletben előírtaknak megfelelően elfogadja és értékeli az ügynökség összevont éves tevékenységi jelentését a költséghatékonyság, a hatékonyság, valamint a hatékony és eredményes pénzgazdálkodás elvével kapcsolatos célkitűzések és eredmények megvalósítása tekintetében.
Az igazgatási tanácsban helyet foglalnak valamennyi uniós tagállam képviselői, megfigyelőként Izland és Norvégia (EFTA-tagországok) képviselői, valamint a Bizottság négy képviselője, továbbá négy, szavazati joggal nem rendelkező képviselő a tengerhasznosítási ágazat különböző területeiről.