Het Agentschap wordt geleid door de een uitvoerend directeur, wier wiens taken en bevoegdheden zijn omschreven in artikel 15 van Verordening (EG) nr. 1406/2002. De uitvoerend directeur wordt ondersteund door vier afdelingen en een uitvoerend bureau als eenheid.

Het Agentschap heeft momenteel elf eenheden, waarvan er tien onder de vier volgende afdelingen vallen:

Afdeling 1: Duurzaamheid en technische bijstand
(Duurzaamheid; Bezoeken en inspecties, menselijk element; Capaciteitsopbouw)

Afdeling 2: Veiligheid, beveiliging en toezicht
(Veiligheid en beveiliging; Toezicht)

Afdeling 3: Digitale diensten en vereenvoudiging
(Maritieme digitale diensten; Digitale infrastructuur; Vereenvoudiging)

Afdeling 4: Zakelijke diensten
(Personeelszaken; Juridische zaken, financiën en voorzieningen)