Agentūrai vadovauja vykdomasis direktorius, kurio pareigos ir įgaliojimai apibrėžti Reglamento (EB) Nr. 1406/2002 15 straipsnyje. Vykdomajam direktoriui padeda keturi departamentai ir vykdomoji tarnyba.

Šiuo metu Agentūroje yra 11 skyrių, iš kurių 10 priklauso šiems 4 departamentams:

1 departamentas. Tvarumas ir techninė pagalba

(tvarumas; vizitai ir patikrinimai, žmogiškasis veiksnys; gebėjimų stiprinimas)

2 departamentas. Apsauga, saugumas ir stebėsena

(apsauga ir saugumas; stebėsena)

3 departamentas. Skaitmeninės paslaugos ir supaprastinimas

(jūrų skaitmeninės paslaugos; skaitmeninė infrastruktūra; supaprastinimas)

4 departamentas. Palaikomosios paslaugos

(žmogiškieji ištekliai; teisė, finansai ir priemonės)